Este Parque Nacional que, fue declarado en 1994 como Patrimonio de la Humanidad, sufre en la actualidad un grave deterioro medioambiental. Tras el desastre ecológico que supuso el vertido ilegal de productos tóxicos de Aznalcóllar, el Gobierno Central puso en marcha el Programa Doñana 2005 para rehabilitar la zona, pues bien, en la actualidad dicho plan se encuentra paralizado sin haber cumplido con los objetivos de devolver el Parque a su estado original.
Los problemas de conservación de este espacio natural son numerosos y entre ellos destaca la escasa cantidad de agua de la que dispone y la mala calidad de la misma. La proliferación de pozos ilegales alrededor del Parque ha provocado una sobreexplotación de las reservas de agua del acuífero Almonte-Marismas del que se nutre Doñana.
Otros problemas que se ciernen sobre él son la variante de El Rocío, en Almonte (Huelva), que pretende desviar el tráfico de la A-348; la ampliación del oleoducto que va desde Extremadura a Huelva, atravesando el espacio natural, así como la instalación de nuevas centrales termosolares en las marismas de Doñana.
La paralización del Proyecto Doñana 2005 ha dejado pendiente una de las actuaciones más importantes en el parque, la recuperación de la cuenca del Guadiamar, de la que proviene la mayor cantidad de agua para Doñana desde el Norte. Todos estos inconvenientes han situado al Parque Nacional de Doñana al borde de perder su título de Patrimonio de la Humanidad lo cual se convertiría en una grave pérdida económica para la zona.
El Parque Nacional de Doñana es considerado como una de las mayores reservas ecológicas del viejo continente y en sus marismas se llegaban a concentrar hasta 200.000 aves acuáticas.
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